Las profecías contenidas en los manuscritos del mar muerto hablan de ángeles exterminadores, enviados de Dios que han llegado para poner fin a la humanidad. La razón por la cual ese Dios en Evangelion quiere destruir la humanidad es, digámoslo así, porque su proyecto ha fracasado, el ser humano se ha estancado, la evolución se ha detenido para los hombres, es una creación imperfecta y quiere un nuevo génesis (Neon Genesis). Si para Stelar “el cuerpo está obsoleto”, el ser humano no da abasto con los avances de su técnica y es necesario intervenir el cuerpo para adaptarlo a este nuevo mundo que le supera, en el anime se trataría de un mandato divino y aquí juega un papel diferente la tecnología, en vez de ser aquella que ha provocado la obsolescencia del cuerpo es la que puede salvar a los hombres del destino preparado por su creador.
—No me digas que es el gigante...
—En Gehirn, llamamos a aquéllo Adán. Pero esto no es lo mismo. No es el original.
—Entonces...
—Fue creado por el Hombre a partir de Adán. Es Eva.
—¿Eva?
—Es el Proyecto para recuperar a Adán, el "Proyecto E". Éste es el prototipo, el Eva Unidad 00.
—¿Un prototipo de Dios?
—Fuyutsuki, ¿quiere crear una nueva era para la Humanidad con nosotros?
—A partir de hoy voy a idear un nuevo plan. El Sr. Keele estará de acuerdo en lo que haga.
—No se tratará de...
—Sí. Vamos a acercarnos a Dios. Llegaremos hasta donde nadie ha conseguido llegar... El Plan de Complementación Humana.
El despertar de Adán.
Misato:
Los seres humanos... una raza de seres incompletos e imperfectos han alcanzado el fin de su potencial evolutivo. El Proyecto de Instrumentalización forzará la evolución de los seres humanos separados hacia un único ser perfecto. Y el Comité no planea usar ni a Adán, ni a NERV sino a los EVA. Tal como Kaji dijo.
—Keel: El momento prometido ha llegado. Hemos perdido la Lanza de Longinus por lo que no podemos usar a Lilith para terminar el proyecto. Afortunadamente podemos usar al único Hijo de Lilith, el EVANGELION 01.
—Gendo: Eso no estaba en los planes originales de SEELE.
—Fuyutski: La creación del Evangelion es el pináculo de la existencia humana.
—Gendo: Los seres humanos deben evolucionar y crear un nuevo mundo. Para eso creamos a la serie de EVA.
—Seele 09: Hasta que no abandonemos nuestra forma humana no podremos subir a nuestra Arca llamada EVANGELION.
—Seele 12: Esto es sólo una etapa transitoria para los seres humanos, camino al renacimiento.
—Seele 05: El destino de destrucción es también el gozo del renacimiento...
—Seele 03: A través del sacramento de la muerte, Dios, la humanidad y todos los seres vivientes serán unificados y renacerán como un solo ser.
—Gendo: La muerte engendra la nada.
—Keel: Merecen la muerte.
—Fuyutski: La humanidad existe porque tiene la voluntad de vivir. Así que por eso ella quiso quedarse en el EVA 01.
—Los seres humanos crearon al Evangelion para copiar a Dios, ¿esa fue tu verdadera intención, Yui?
—Sí. Los seres humanos sólo pueden vivir en este planeta pero el EVA puede vivir para siempre con el alma de la persona que esté en su interior. Existirá aunque el Sol, la Luna y la Tierra desaparezcan tras cinco mil millones de años. Estaré sola pero mientras un ser humano continúe con vida...
—Será la marca que demuestre que los seres humanos existieron.
El Evangelion como el testigo de la existencia de los seres humanos, como prueva congelada para el futuro, muy distinto de los seres de energía pura de Kubrik en 2001, más humilde.